Muzejski fundus sistematiziran je u odgovarajućim zbirkama.
Pretpovijesna,
Antička (grčki i rimski spomenici) i
Srednjovjekovna zbirka slijede uobičajeni kronološki sustav. Muzej međutim posjeduje i
Egipatsku zbirku, jedinu takve vrste u ovim prostorima, kao i
Numizmatičku zbirku, jednu od najvećih takvih zbirki u Europi i svijetu.
Premda je, gledano u cjelini, najveći dio spomeničke građe domaće provenijencije, iz krajeva koji pripadaju hrvatskom povijesnom prostoru, zagrebački Arheološki muzej, za razliku od drugih sličnih muzeja u Hrvatskoj, posjeduje i bogate zbirke i spomenike inozemnog podrijetla. Uz već spomenutu Egipatsku zbirku, kao i znatan dio materijala Numizmatičke zbirke, stranog je podrijetla i nekoliko značajnih kolekcija
grčkog i rimskog spomeničkog materijala. Osobito treba istaknuti bogatu kolekciju oslikanih grčkih vaza južnoitalskog i grčkog podrijetla, zatim dragocjenu kolekciju kamenih spomenika italske provenijencije - skulptura, reljefa, natpisa i dr. - (ranije je bila u vlasništvu grofa Lavala Nugenta), a iznimnu pozornost privlače i glasoviti povoji
Zagrebačke mumije, odnosno Zagrebačka lanena knjiga (Liber linteus Zagrabiensis).
Više o stalnom postavu muzeja - Pretpovijesnoj, Antičkoj i Egipatskoj zbirci možete naći na službenim stranicama muzeja:
www.amz.hr